Повърхностни води
Районът на община Несебър попада в обхвата на Басейнова дирекция за управление на водите – Черноморски район, с център гр. Варна.
В хидроложко отношение разглежданата територия се отнася към Черноморска водосборна област, поречие Севернобургаски реки с обща водосборна площ 2185 км². Реките, протичащи през територията на общината, са р. Двойница, р. Хаджийска, р. Бяла, р. Великовска, р. Дращела.
Територията на община Несебър, попада в обхвата на следните повърхностни водни тела:
- BG2SE600L016 – яз. „Порой“
- BG2SE500R012 – р. Дращела – от извора до вливане в Черно море при ВС „Елените“;
- BG2SE500R1013 – р.Вая - от извора до граница на преходни води;
- BG2SE400R1006 – р.Двойница - 2 км след с.Дюлино до граница на преходни води;
- BG2SE400R004 – I участък - р.Двойница - от извора до след с.Дюлино; II участък- р.Еркешка - от извора до вливане в р.Двойница;
- BG2SE800R019 – р. Ахелой – от яз. Ахелой до преди с. Ахелой;
- BG2SE400R020 – р. Ахелой – от преди с. Ахелой до вливане в Черно море;
- BG2SE600R015 – р. Хаджийска – от 3km след с. Ръжица до яз. „Порой“;
- BG2SE500R1113 – р. Вая – от граница на преходни води до вливане в Черно море при Иракли;
- BG2SE400R1106 – р. Двойница – от граница на преходни води до вливане в Черно море;
- BG2SE300R1103 – р. Панаир дере – от граница на преходни води до вливане в Черно море;
- BG2SE400R1007 – р. Великовска до вливане на р. Карагьолгенска;
- BG2SE400R1107 – р. Великовска от извора до вливане в р. Двойница;
- BG2SE600R1009 – р. Бяла река – от извора до след с. Гюльовца;
- BG2SE600R1010 - I участък - р.Хаджийска - от яз.Порой до устие; II участък- р.Бяла река - от след с. Гюльовца до вливане в р.Хаджийска
На територията на общината попадат следните крайбрежни морски тела с кодове и наименования:
- BG2ВS000С1007 – от Шкорпиловци до н. Емине;
- BG2ВS000С1008 – от н. Емине до Свети Влас;
- BG2ВS000С1108 – от Свети Влас до Поморие;
- BG2ВS000С1010 – Бургаски залив >30m.
Подземни води
Разглежданата територия на община Несебър попада в обхвата на следните подземни водни тела:
- BG2G000000Q006 – Порови води в кватернера на р. Хаджийска;
- BG2G000000Q014 – Порови води в кватернера на р. Двойница;
- BG2G000000N021 – Порови води в неоген – сармат Руен – Несебър;
- BG2G00000PG028 – Порови води в палеоген, палеоцен, еоцен Руен-Бяла;
- BG2G00000K2034 – Карстови води н ВК2t сn-st-Бургаска вулканична северно и западно от Бургас.
Язовири
Язовир „Порой“ е публична държавна собственост. Намира се в землищата на селата Александрово, Гълъбец, Порой, Гюльовца, Оризаре, Тънково, община Несебър и на територията на община Поморие. Водните маси от язовира се използват за напояване.
Геотермални ресурси
На основание § 133, ал. 4 от Преходните и Заключителни разпоредби към Закона за изменение и допълнение на Закона за водите и с Решение №31/07.02.2012г., Министерството на околната среда и водите (МОСВ), предоставя на община Несебър за срок от 25 години, безвъзмездно за управление и ползване, находище на минерална вода, изключителна държавна собственост - № 73 от Приложение № 2 на Закона за водите - „Слънчев бряг“, община Несебър, Област Бургас, включително водовземните съоръжения – сондаж № Б-1 и сондаж № Б-76. Съгласно т. 6.3 от горепосоченото Решение на МОСВ, кметът на Община Несебър, издава разрешителни за водовземане или концесии за добив на минерална вода от сондаж № Б-76, при условията и по реда на Закона за водите, Закона за концесиите и Наредба № 1 от 2007 г. за проучване, ползване и опазване на подземните води. Двете съоръжение в община Несебър се стопанисват от фирми.